秋月蒼生は、妹の涼葉と幼馴染みの伊莉愛と一緒に朝登校している途中で、異世界召喚に巻き込まれ、やり込んでいる大人気のRPG〈境界のレゾナンス〉の世界へ突然転移してしまう。 　そして、異世界の危険な森で目覚めた蒼生は、魔物に襲われ瀕死になるが、謎の神シヴァに助けられ、〈破壊と再生〉の加護を授かる。 ​　その後、授かった力で命を救った少女ニーナとの出会いを経て、温かな町の片隅で新たな生活を始めた蒼生だったが、その裏では、かつてゲームの画面越しに見た過酷な運命と、いつか訪れるかもしれない幼馴染み・イリアとの敵対の影が静かに忍び寄っていた。 ​　ゲームの知識と最強の力を武器に、残酷な運命の連鎖に抗う少年の物語が、いま幕を開ける——。