平凡な高校一年生・松原蛍汰は、ある日から「鐘の音」と「夕焼けの教室」の夢を繰り返し見るようになる。 夢の中で出会った謎の少女・楊鈴音は、「やっと会えたネ」という言葉だけを残して、崩れゆく世界へ消えていった。 翌日、その少女は転校生として現実に現れる。 それを境に、世界は少しずつ姿を変え始める。 昨日まで二つだった公園のブランコは三つ、やがて四つへ増え、存在しないはずの部活動や歴史、家族写真、そして人々の記憶までもが静かに書き換えられていく。 その異変に気付けるのは、蛍汰と鈴音、そして超常現象研究会に所属する少女たちだけだった。 「観測者になってしまいました。」 眼帯の少女・平沢歩にそう告げられた蛍汰は、銀髪の少女・獅堂朱璃、"黒の森の魔女"を名乗るイリーナ・V・シュヴァイツァー、記憶を失った幼馴染・久住瑞雪と出会い、世界を侵食する「歪み」の正体へと迫っていく。 夢は未来なのか。 それとも失われた過去の記憶なのか。 鐘が鳴るたび、世界は静かに書き換えられる。 そして最後に残るのは、「世界の記録」か、それとも「君を想う記憶」か――。