月野小五年三組の日下瞬は同じクラスの武田克哉と服部秀彦と一緒に夏休みの自由研究をやることにするが、テーマがなかなか決まらない。ある日、三人が住む月野市で昔、連続殺人事件があったことを知り、自由研究のテーマを殺人事件に決める。