人類を魔獣から守るため、世界各国に支部を置く魔法少女協会。だが、魔法少女に覚醒するのは女性のみ——それが常識だった。 三神零、十六歳。普段は目立たない優等生を演じる、ごく普通の男子高校生。しかし彼には、誰にも明かせない秘密があった。変身した姿は、なぜか少女——闇属性を操る、協会未登録の魔法少女「ゴースト」。