霊を見る力を持つ高校生・櫻井悠斗は、春の廃病院で、千年の巫術を受け継ぐ少女・月瀬美琴と出会う。 美琴は、怨霊をただ祓うべき怪異とは考えていなかった。怒りや憎しみの奥に取り残された声へ耳を傾け、その未練を解き、魂をあるべき場所へ送り届ける。 そんな彼女の姿に母の面影を感じた悠斗は、美琴とともに各地の怪異へ立ち向かうようになる。 風鳴トンネルに響き続ける、二十年越しの後悔。 温泉郷に語り継がれる、花守巫女の伝説。 二人を結ぶ数々の怪異は、やがて千年前に封じられた呪いと、忘れ去られた巫女たちの悲劇へと繋がっていく。