大学生・残間ヒビキの日常は、恋人・ミオが異形の怪物に攫われた瞬間に変貌した。 彼女を取り戻すべく謎の組織へ身を投じた彼は、死闘の中でこの世界に隠された真実を知ることとなる。 怪物の正体とは？12000年前に沈没したムー大陸の真実とは？ そして、本作のタイトルでもある「残響の世界」とは一体何なのか？ 恋人を助けるために始まった戦いはやがて世界線を揺るがす大きな戦いへと変わってゆく。