町はずれにある風見診療所。医師である祖父・風見先生のもとで過ごす小学六年生のカナタは、「人を見る」という祖父の不思議な教えを毎日の宿題にしていた。病気だけではなく、その人の表情やしぐさ、言葉にならない思いを見ること――それが本当の診察だという。 ある日、診療所を訪れた一年生の少女・結衣に、カナタは小さな違和感を覚える。晴れているのに濡れた運動靴、名前の書かれていないノート、名前を書くたびに止まる手。学校でも図工の作品や持ち物から名前が消え、結衣は少しずつ自分の名前を避けるようになっていた。カナタは幼なじみのモモとともに結衣を見守りながら、「見たこと」と「思い込み」の違いを祖父から学び、人を決めつけずに待つことの大切さを知っていく。 やがて結衣は、何も書かれていない白い手紙を祖父へ届ける。その紙は「書けなかった言葉」を託した精いっぱいの助けだった。祖父は急いで答えを求めず、結衣が自分の気持ちを言葉にできる日を静かに待ち続ける。 そして祖父は、一冊の古いカルテを取り出す。そこには、かつて自分の名前を書けなくなった子どもとの約束が残されていた。病気を治すより先に、その子の心を守るため、名前を書く欄だけを空白のまま残した「名前のないカルテ」。その約束は、今の結衣へと受け継がれていた。 祖父もカナタもモモも、結衣を急がせない。ただ名前を書きたくなる日を信じて待つ。やがて結衣は自ら鉛筆を手に取り、自分の名前を書き、祖父から「おかえり」と迎えられる。名前を呼ばれることで、自分の居場所を取り戻した結衣は、ようやく本当の笑顔を見せる。 事件が解決したあと、祖父は長年書き続けてきた「風見診療所事件ノート」をカナタへ託す。そこに記される事件とは、犯罪ではなく、人の心に起こる出来事だった。カナタは最初の一ページに「第一号　名前のないカルテ」と書き、「人は病気ではなく、人として見てもらえたとき、少しだけ自分を好きになれる」という一文を記す。そして新たな患者が診療所を訪れ、風見診療所の小さな事件は、今日も静かに始まる。