『山賀（サンガ）』の長老が神託を得て、『なよ竹の巫女』と『蒼き狼の剣士』の誕生を予言した。 山賀の娘である『朱音』は、孟宗竹の竹林の切り株に並々と満たされた『光る酒』を飲んで子供を授かった。 『龍神の翡翠』を手に持って生まれた。 娘は『御玉（みたま）』と名付けられ、なよ竹の巫女として育てられる。一方、腕に青い狼の痣を持った男児も誕生した。その子は『進次郎』と名付けられ、忍びとして育てられた。二人はやがて成長し、御玉は神々しいほど美しく、進次郎は最強の忍びとして頭角を現す。ある日、御玉は神託によって、来たるべき『最後の審判』が近いことを知り、自ら神剣『空斬刺鏡（くうざんしきょう）』を鍛え上げて進次郎に託した。そして、平和な日々は終わりを告げる。悪の根源『焔（ほむら）』が大軍を引き連れて襲撃してきた。狙いは聖櫃（アーク）と龍神の翡翠、そして『なよ竹の巫女』の血。山賀、伊賀、甲賀の忍びたちが総力戦を挑むが