一年前の墜落事故で瀕死の重傷を負った天才少女パイロット、リサ＝エルフォート。 再生治療手術と過酷なリハビリによって、身体は修復された。 しかし、事故の恐怖と左脚の後遺症から通常部隊への復帰を拒まれた彼女は、高事故率で知られる第四実用試験部隊――通称「モルモット部隊」へ志願する。 そこで出会ったのは、次世代試作戦闘機ＸＦ‐９９Ｒ‐０００〈グライフ〉。 高度な人格ＡＩを持つ黒い機体は、なぜか初対面のリサを待っていたと告げ、彼女だけを搭乗者として選ぶ。 事故の恐怖に震えながらも、仲間たちに支えられ、再び空を目指すリサ。 これは、墜ちた少女と彼女を選んだ黒い翼が、兵器ではなく自分自身として空を取り戻す物語。