魔法が一般化した近未来の日本。 対魔法干渉兵器として秘密裏に生み出された少年・不破ネメシスは、極秘機関の命令によりエリートだらけの魔法学校へ潜入する。 目的は情報収集と監視。感情は不要。友人など必要ない。 しかし、正科生と予科生という百年以上続く格差の中で、ネメシスは圧倒的な力で学校の常識を次々と塗り替えていく。 やがて学校の全勢力が、この少年を中心に動き始めた。 潜入任務のはずが、気づけば学校の闇そのものと、対峙することになったネメシス。 任務を続けるほどに、少年の中で何かが変わっていく。 感情のない兵器が、初めて守りたいものを見つけた時、組織は少年に残酷な現実を突きつける。 兵器が人間になるとき、世界は彼を許すのか。