ある日を境に、日本全国の女性たちは平均身長230センチ、ボディビルダー並みの超絶的な筋肉と男性器を持つ「完全生物」へと進化した。彼女たちは女性同士のみで子孫を残す道を選び、旧来の男性遺伝子は不要のものとなった。 ​時が流れ、残された日本の男性はわずか217人。歴史的保存性別「メンス」として国家の保護区に収容され、やがて絶滅の危機に直面した最高評議会は、種の多様性を維持するため「有償による遺伝子維持計画（生殖プロジェクト）」を発令する。 ​多くの進化した女性たちが男性に恋愛感情を抱かず、義務としてその任務に臨む中、国防軍最高司令官の神崎静香もまた、冷徹な義務感から一人の男・田中健一との間に子を宿す。 ​しかし、出産を迎えたその瞬間、彼女の腕の中に生まれたのは、女性同士の間では絶対に生まれえない、か弱く愛おしい「男の赤ん坊」だった。 ​その瞬間、静香の中で冷徹な任務は音を立てて崩れ去り、底知れぬ母性と狂気的な溺愛の炎がスパークする。 世界を統べる最強の女性たちの手で、宇宙一過保護に、誰の指一本も触れさせずに守られる「奇跡の男児」の、甘く熱い新時代が幕を開ける――。