中学一年生の美帆乃は、友達に盗撮された写真が拡散されたことで根も葉もない噂が広まり、学校に行けなくなってしまった。
両親と学校側に勧められるまま、フリースクール『灯台』へ。そこは老夫婦が開いている私設図書館『ともしび文庫』と、市民の憩いの場『あかりカフェ』が併設されている不思議な場所だった。
美帆乃はそこで、同じく不登校の謎のクラスメイト西宮翼、都内の名門私立中学校に在籍する春日野小路と出会う。
それぞれ事情を抱える３人は、少しずつ歩き始める。