霊夢と魔理沙、妖夢は三人でお祭りに行き、花火を見ようとしていた。しかし花火が上がる直前、突如幻想郷の色が無彩色へと変化した。 その元凶によると幻想郷に放たれた七色色彩妖精という妖精を4日以内に全員倒さなければ幻想郷全ての活気、色が失われたままの残酷な世界になるという。異変を解決すべく、霊夢、魔理沙、妖夢は立ち上がるが…