二〇四八年、日本は「武官立国」を掲げ、軍人こそが国家の頂点に立つ世界。 黒川蓮は、父・黒川丈治が「訓練中の事故」で死んだという知らせを受けながらも、その死に疑念を抱き、軍養成学校「黒校」への道を選ぶ。 蓮は最下級の「三兵」として入学し、苛烈な実力主義の中で這い上がっていく。そこで出会ったのは、天才と目される霧島嵐、赤軍から転校してきた謎多き少女・大崎那奈、そして父の死の真相を知る黒軍総大将・黒島烈だった。 「強くなれ。お前が頂点に近づいた時、話すべきことがある」 烈の言葉を胸に、蓮は昇格戦、四軍合同演習、そして年次演習を戦い抜く。その過程で、彼は父の死が「特別模擬戦」と呼ばれる極秘演習に関係していることを知る。そこには、軍上層部による人体実験と、それを隠蔽する組織の闇があった。 父は殺された。ならば、その組織を壊すまで。 蓮は仲間と共に、軍の頂点「御台所」へと歩み始める。四つの軍旗（黒・赤・白・青）が翻る国で、彼らは真実を追い、組織の牙と戦い、そして――新たな旗を掲げる。 「父の死の真相を追う少年の復讐と成長を描く、軍事学園×ミステリー。全編、伏線と因縁が絡み合う重厚な物語です。」