AD20xx年。 宇宙に蔓延る古き異形を倒すべく、星系連合が地球を離れてほぼ二千年が過ぎた。 宇宙科学技術学院（通称アカデミー）の外宇宙調査団に所属する夏目蘇芳もそのうちの一人だった。 異界の魔女から授かったとされるロストテクノロジー魔法と、自身が生み出した機械仕掛けのパワードスーツ機神（マキナ）を操り、今日も異形を討伐する日々に明け暮れていた。 そんな最中、蘇芳は亡き恩師の遺言により双子のアンドロイドを引き取ることになった。 気乗りしないものの、双子を引き取った蘇芳に立て続けに事件が起こる。 双子に隠された秘密とは何か。