深夜零時、雨見市には、どの地図にも存在しない神社が現れる。参拝を終えれば、どんな願いも叶うという。ただしその願いは、願った者が最も受け入れ難い形で実現する。 奇怪な死が相次ぐなか、刑事の神崎と民俗学研究者の千鶴は、「夜行神社」と呼ばれる異様な存在を追い始める。 民俗の禁忌が明らかになるにつれ、すべての事件が一つの秘密へとつながっていることに二人は気づく。深夜に現れるのは本当に神社なのか。それとも、数百年にわたって生き続けてきた「願い」そのものなのか……。