社畜として働く青年・空（そら）は、劣悪な会社を変革し、人間主導の無秩序な世界をリセットするという秘められた目的を持っていた。彼は所持する「魔道書」の力で野良猫の弥太郎、市松、おつう、又左らを人型に変異させ、悪徳幹部を粛清して会社を新人類（変化）の拠点へと刷新する。 空たちの真の目的は、地球を蝕む愚かな人類全否定と「聖なる者（天界勢力）」の滅亡、そして新人類と動物による平和な世界の構築だった。空は異空間で竜族最強のバハムートを解放し、悪魔の女王ルシエルと結託。世界中の核保有国や国家を地殻へ全埋没させる「地球浄化作戦」を遂行する。 作戦阻止に動く聖者・使徒たちとの激戦が勃発。激闘の中、味方の又左が絶命し、バハムートも巨大天使メタリカとの相打ちで消滅する。怒りに燃える空はルシエルと共に絶対神デウスとの最終決戦に挑む。デウスの圧倒的な神力に追い詰められるが、空は極限状態で父デビルス・サタンから受け継いだ超力「ルカスペクター」と「魔道拳2.0」を覚醒。過酷な死闘の末にデウスを完全に討ち果たす。 勝利後、空は命を落とした又左を蘇生させるため、サタン直伝の「生命廻転術式」を発動。自身の全生命と魂を捧げて又左を蘇らせると、最後の人間として安らかな笑みを浮かべ、絶命して異空間へと消えていった。 物語の裏には残酷な真実があった。空の父はかつてデウスに敗れた悪魔王サタンであり、母は人間のスカーレットであった。サタンは地球を守る使命を息子に託し、すべては仕組まれた運命だったのだ。最後の人間・空の尊い犠牲により人類は根絶され、残された新人類と悪魔たちによる、正義と平和に満ちた新時代の世界政府が創設されるのだった。