海の底にある人魚の国、アクアリスで暮らす少女マナリィ。 彼女は人間界に行ったまま戻らない母と再会することを願っていた。 十七歳の誕生日に、マナリィは養父でもある伯父の反対を押し切り人間界へ旅立つ。 たどり着いたのは運河が街中を走る美しい水の都、ヴェルマーレ。 そこで魔導具師の青年ケントと出会ったマナリィは、彼の紹介で薬師オーレリアの元で働くことになる。 ところが、水の都では深刻な水質汚染が起きていた。 薬作りに欠かせない清らかな水は貴重品となり、薬を作れなくなっていた薬師たちはその多くが廃業していた。 そんな中、マナリィが持つ「浄化の力」が役に立つことが分かる。 海の魔女から教わった薬の知識と、水を浄化する力。
二つを武器に、マナリィの薬師見習いとしての日々が始まる。 そんな中マナリィは薬屋に放置されていた不思議な自動人形(オートマタ)、アンヌマリーを発見する。 アンヌマリーの記録には、行方不明の母からのメッセージが残されていて—— 母はいったいどこにいるのか。 そして、水の都を苦しめる水質汚染の原因とは？ この街で一人前の薬師になって、母と再会する。 その想いを胸に、マナリィは今日も誰かのために薬を作る。