蒼銀の髪を持つ刻ノ少女ルナの前に、黒ノ扉から黒衣の仮面男カースが現れていた。 カースの目的は女神クロノアが遺した刻ノ力の結晶「女神ノ涙」を奪うことだった。 「この世界に女神など不要」と語るカースに対し、ルナは女神ノ涙を守るため禁じられた力を解放する。 ルナの呼びかけに応じ、鏡ノ扉から三人の英雄が召喚された。 槍を使う英雄。 大剣を携えた騎士。 そして、真紅の髪と深緑の瞳を持つ記憶を失った少年。 ルナたちは、カースが呼び出した魔物や黒龍を相手に激しい戦いを繰り広げる。 英雄たちは次々と倒れ、最後に残った少年もカースの攻撃によって致命傷を負う。 それでもルナは諦めず、刻ノ女神の力を使って少年の傷と時間を巻き戻した。 復活した少年の一撃を受け、カースは女神ノ涙を奪うことを断念する。 しかし、撤退する直前、カースはルナへ呪いをかけた。 「時計がⅫを指した時、彼女の命は尽きる」 さらに、刻ノ少女であるルナが死ねば、刻ノ大地だけでなく、鏡ノ扉でつながるすべての世界も消滅してしまうという。 戦いの後、召喚された英雄たちはそれぞれの世界へ帰っていった。 だが、真紅の髪の少年だけは残されていた。 少年は自分がどこから来たのかも、本当の名前も思い出せず、帰るべき場所さえ分からなくなっていた。 初対面のはずの少年に不思議な懐かしさを感じたルナは、彼を「レッド」と名付ける。 レッドもまた、自分はルナの願いを叶えるために呼ばれた英雄だと語り、彼女を守ることを約束する。 ルナの呪いを解くためには、封印された女神クロノアを復活させなければならない。 そのために必要なのは、鏡ノ扉の各世界へ散らばった十二の女神ノ涙。 こうして、残された時間が限られている刻ノ少女ルナと、過去を失った英雄レッドは、女神ノ涙を探す旅へ出ることになる。