第三次世界大戦を経て成立した世界統一国家、X。 平和を取り戻しつつあった世界に、ある日突然「異能」と呼ばれる未知の力が現れた。 普通の学生だった水瀬碧も、ある事件をきっかけに異能者となる。 政府によって連れて行かれた「保護施設」。そこは、異能者を保護するための場所とは到底思えないものだった。 やがて碧は、ある出来事をきっかけに施設を抜け出すことになる。 しかし、自由になったわけではない。 政府から追われる身となった彼女たちは、逃げ続けながら異能の謎と、この世界に隠された真実へと近づいていく。 異能とは何なのか。 なぜ、突然この世界に現れたのか。 これは、異能の謎に翻弄されながらも、自分たちの未来を選ぼうとする者たちの物語。