世界から戦争と核の脅威が消え、人類は新たな平和の時代を 迎えていた。 災害救助、宇宙開発、未知の現象の調査を目的として設立された世界規模組織――EAA。 その実働部隊であるガーディアンが人々の安全を守る中、とある地方都市で奇妙な異変が発生する。 コンビニで働く青年・神代護は、夢も目標も見つけられないまま、ただ何となく毎日を過ごしていた。 一方、保育士の結城未来は、子供たちの笑顔を守るために今日も忙しく働いていた。 本来なら出会うはずのなかった二人。 しかしその日、超古代文明を滅ぼしたと伝えられる古代怪獣ゴモスと怪鳥ルドラが復活し、街は未曽有の危機に陥る。 子供たちを守ろうとする未来。 逃げ遅れた人々を助けようとする護。 絶望の中で二人が辿り着いたのは、地中深く眠る「光の巨人」の遺跡だった。 希望。 絆。 そして未来。 超古代文明が残した最後の光の戦士――スピア。 今、二人の運命が交わる時、長い眠りについていた光の伝説が再び目を覚ます。 これは、人類の未来を守るために戦う光の巨人と、その力を受け継いだ二人の若者たちの物語である。