マナ。 それは現代文明を支える究極のエネルギーでもあり、武器にもなる。あるものはそれで弓を作り、あるものはそれをブレードに流し込み刃とする。 マナの有無で差別され、都市の外側には植物系ミュータント(通称:ヒトガタ)があふれる世界で、対ミュータント部隊「旅団」の総括班班長を務める、ミカ・アルフレッド。マナなし側の怒りが暴発した反乱、朔望団事件に巻き込まれ、自身の居室ごと砲撃される。 砲撃の主は味方であるはずの旅団03小隊であった。反乱と味方からの砲撃によるショックで瓦礫と土埃のなかで絶望するミカ。 ただ、今回は、今だけは、自分の足で自分のために立つことを決める。 敵が味方かわらない03小隊を退け、入手した実験ログから、この世界の一つ、マナは普遍的に人に宿り、マナなしとされる人はそれを外に出すことができないだけ、本質的にはマナの有無ではないという事実、現代社会を支えるエネルギーは、そのマナなしのマナであることを知ることになる。 ミカ達は首相官邸の地下にある、災害備蓄庫にマナなしのマナを回収する装置がある可能性を突き止める。そして、旅団最強とされるレイの姿を模した異形との戦闘になり、これを退けるが、災害備蓄庫が崩壊する。 崩壊した災害備蓄庫から逃げたミカ達の前に、現れる人語を喋るミュータントの変異型。 彼女らの過去、元は旅団所属のマナなしであることと、災害備蓄庫にいた異形が、なぜレイの姿をしているのかを知る。 敵が味方かわからないままに、部下である伊織が彼女らの計略によりミュータント化してしまう。 連戦続きで疲弊するなか、なんとか、彼女らも退け、伊織を取り戻し、ミカは意識を失う。 しかし、まだ彼女は走るのをやめずに、走り切る。