ベイコマンド！！ 　それはベーゴマをモチーフにした、熱き少年達の魂のぶつかり合い！！ 相棒やライバルと共に成長する最高のホビー！！ 　この物語は、孤独だった1人の小学生がベイコマンドを通じてかけがえのない仲間を手に入れるまでの、数奇な冒険譚である──。 　前回までのあらすじ！ 　主人公『陽ノ本光(ひのもとひかり)』は数々の強敵達との戦いを制し、世界征服を狙う組織『ダーク・ベイコマンダーズ』の首領を倒して、見事初代ベイコマンド世界大会の覇者となった！！ 　自身を苦しめたダーク・ベイコマンダーズの首領とも握手を交わし、新たな仲間として迎え入れる光。 　彼らのアツい友情に全国の少年達は涙し、称え、そして熱狂した。 　そんな興奮と感動の世界大会から数年──。 　陽ノ本光は、ただのベイコマンド好きな高校生になっていた。 　世間はベイコマンドをすっかり忘れ、かつての仲間達もベイを捨てて一般人として日常を送る毎日。 　光はそんな世間の冷たい波に抵抗するかのごとく、来る日も来る日も1人でベイコマンダーの特訓を続けていた。 　しかしそんな平和で退屈な日常に、復活したダーク・ベイコマンダーズの魔の手が迫る……！！ 　ベイを悪用し人々の平和を脅かすダーク・ベイコマンダーズに対抗するべく、光はかつての戦友を集める事に！！ 　しかしその中で判明する、衝撃の真実……！！ 「お前ら全員女だったのかよ！」 「いや陽ノ本君だって女じゃん！」 　女子高生になっても絆は不滅！！ 　成長した仲間達と共に、1・2・3！！ 　ゴー……コマンドッ！！