西暦２０XX年。ある日、日本は「異世界の日本」と時空を通じてつながった。東京上空に浮かぶ巨大な赤い大鳥居の出現が、日本と異世界の日本「日榮皇国」をつなぐものとなり、首都上空に構える大鳥居の向こうには、日本と似て非なる昭和の……しかし魔道技術で栄えた皇国の首都が広がっていた。 ファーストコンタクトこそ、混乱や緊迫感があったにせよ、どうにか両国の間に国交を結ぶまでに至るのだが、その皇国側の世界「ディファレント・アース」にはある脅威がいた。飛行型アンノウン「グリパス」の存在だ。これは、３年前にも日本本土に出没したものと同種であった。 鳥居ゲートを突破して日本に再来する事態を想定し、国交を樹立後、日本防衛軍事組織：通称「ＪＤＦ」は皇国の魔道テクノロジー「御霊鋼」を吸収し、そのノウハウで防衛空軍の主力機の一つＦ２戦闘機を魔改造した「御霊式改修戦闘機・零改」を開発。そして、皇国の対グリパス戦術を学ぶべくＪＤＦから若き先鋭らが実習生として日榮に各基地や訓練校へ派遣されていった。そのうちの一人スーパールーキー「甲藤武」は、お役所のミスによって皇国海軍女子航空機兵士官学校……いわゆる軍の名門が通うお嬢様学校へ配属されてしまったのだ……どうなるこの先？ 天才エースのスーパールーキー、けど中身は年ごろの少年パイロットが魔改造戦闘機を駆り、軍のお嬢様学校に癒しと決意、飯テロを巻き起こす。空戦学園コメディ！