人里離れた「ウル・ディオスの山」で、木こりの父・タイタスと自給自足の生活を送っていた少年・アルト。彼は生まれつき、山や河の精霊たちの気配を肌で感じ取る不思議な力を持っていました。ある嵐の夜、父が何者かの襲撃を受け、謎の黒い呪詛によって命を落としてしまいます。 父が最期に託した遺言書――そこには、故郷の山を狙う巨大組織「ゲオルギウス商会」の陰謀と、二十年前に「何かに導かれて命を落とした」とされていた母・エルザの死の真相が隠されていました。遺言書から精霊の力を受け継ぎ、腕に聖なる紋様を宿したアルトは、唯一の友である小さな妖精・チャピーと共に、父の復讐と森を守るための冒険へ旅立ちます。 王都へ向かう道中、商会が放った悪霊や亡霊の軍勢、そして邪悪な魔導士ネビロスがアルトたちの前に立ちはだかります。アルトは自身の体に染み込んだ「大地の強さ」と「河川の浄化の力」を覚醒させ、凄惨な霊体たちを次々と退けていきます。 ついに辿り着いた王都で、アルトは商会の総帥バルトロメウスと対峙します。そこで明かされたのは、母・エルザが二十年間、街の魔力源として生贄に捧げられ、今も怨霊として囚われているという残酷な真実でした。 激しい怒りを乗り越え、真の「生命の循環」の力に目覚めたアルトは、チャピーの助けを借りて商会の魔力結晶を破壊。母の魂を呪縛から解放し、悪の組織を成敗します。戦いの後、王都には緑が戻り、アルトは再び精霊たちの息吹が聞こえる故郷の森へと還るのでした。