五年前。 世界各地に突如として「魔獣」と呼ばれる怪物が現れ、人類は未曾有の危機を迎えた。 同時に、妖精と契約した少女たちは「魔法少女」となり、人類を守る希望として戦い始める。 それから三年後。 一人の少女が悪の組織≪デスペアデザイア≫に誘拐され、行方不明となった。 組織は彼女を洗脳し、自らの尖兵に仕立て上げようとする。 しかし洗脳の最中、少女は自分が前世の記憶を持つ転生者であったことを思い出す。 その影響で洗脳は完全には成功せず、組織への忠誠心を植え付けられることなく自我を保つことに成功した。 だが、その代償として家族や親友との思い出を失ってしまう。 前世で憧れていた「ダークヒーロー」という理想だけを胸に抱いた少女は、悪の組織へ所属したまま、その内部から悪を滅ぼすことを決意する。 これは―― 悪の組織の魔法少女が、自らの信じる正義を貫く物語。