生まれ持った病気のせいで、魔法も使えない孤児の少女ベガはある日、自分を治療してくれるという医術師の男シリウスに引き取られることとなる。 　治療法を研究していく日々の中、シリウスは帝国最高峰の研究機関であり教育機関でもある学院に教授として招かれることになり、そしてひょんなことからそこにベガも生徒として通うことになってしまった。 　魔法が使える優秀な者たちのなかで、魔法が使えない落ちこぼれのベガは逞しく学生生活を送ることができるのか。 　自身に秘められた病気の正体、やがて国をも揺るがす大惨事にベガは巻き込まれていくことになる。