ここにエヴァとは違う物語が始まる。 西暦2015年８月、東京に隕石が落ち東京は消滅していた。　 それから15年筑波の裾野につくば第二首都が完成し日本の首都となっていた。　 つくば第二首都の中心にITVセンターがありITV基幹が今の日本をコントロールしていた。 2030年6月、つくば第二首都へ木戸竜一が福島の田舎から出て来る。　　　　　　 IQ.180の竜一はITV司令室チーフ武田キリコのアパートで一緒に暮らす事になる。 そこでキリコの隣りの部屋に住むIQ.280の天才、長尾美知子と出会い、つくば第二首都で繰り広げる出来事がアウゼウス　つくば第二首都編である。 破壊王そしてキミラーウイルスと次々とつくば第二首都が危機に襲われる、竜一と美智子はそれに立ち向かうが……人類は滅びてしまうのだろうか？！。