時は現代。日本を含む世界では、強大な力を持つ人類の敵・壺獣（こじゅう）と、特別な力”魔法”を使う人類の味方・魔法使いが、人々の生活の陰で戦いを繰り広げていた。そんな中、日本のどこかに位置する日和市の、人が寄り付かない小さな森の中には、魔法使いが住んでいた。そのうちの一人、超絶ビビりな天気の魔法使い・蒼空　天花（あおぞら　あまか）と、その幼馴染・紅蓮火　火向（ぐれんび　ひむき）ある日、彼女が所属している「日本魔法連盟　壺獣殲滅部隊」から、一つの任務が与えられた。その任務の内容は、「市内の中高一貫校・日和学園に潜入し、学園に忍び込んでいる壺獣を探し出せ」というものだった。幼いころのいじめの記憶と、母を壺獣によって失っていた天花は、この任務を断ろうとする。しかし、任務を与えてきた魔法使い・茶牙城　拓間（ちゃがじょう　たくま）の助言により、任務を受けることを決意した。そうし天花が日和学園に入学すると、さっそく気の合わないクラスメイトに絡まれる。そんなクラスメイトとぶつかり、人との関わりに頭を悩ましながらも、火向と共に、壺獣の情報を探してゆく。その中で、入学してから一週間後の放課後、部活体験中に天花は、園芸部の中等部三年生・若葉　颯太（わかば　そうた）に出会う。園芸部の活動中に怪しい動きをする若葉に目をつけ、ついに、若葉が壺獣であることを突き止めた。しかし、若葉に天花たちが魔法連盟部隊の魔法使いであることを知られてしまう。「気づかれたからには簡単には帰せない」といわれ、ついには学園で戦いが始まってしまう。火向の一撃で一度は若葉を仕留めたかと思いきや、戦っていたのは若葉の作り出した分身だったことが判明。一度は諦めかけるも、二人は必死に戦い続けた。予期せぬクラスメイトの乱入もありながら、母を矢を失ってから２年間、壺獣の全滅だけを目標に磨き続けてきた魔法を繰り出し、ついに勝利する。「私は、誰かのために、魔法を使いたい。」と、天気の魔法使いは、任務を通して自分の魔法の在り方を見つめてゆく。