貧富の差が激しい北の国スヴェルニア。 影の傭兵『忍者』として密かに生きるハヤトは、 特殊装備と仮面を纏い、相棒ロッドとともに 高額な報酬と引き換えに危険な依頼をこなしていた。 そんなある日。 巨大テロ組織から高額な懸賞金をかけられながらも、 誘拐された叔母を救うため、 『イオリ・カーヴィル』がハヤトのもとへと辿り着く。 そんな中―― 他の武装勢力がアジトを急襲。 混乱の中、ハヤトはイオリとロッド、 そして捕らえていた謎の男レオンを脱出させ、 自らは“忍者”として敵を迎え撃つ。 だが彼はまだ知らない。 彼女との出会いが、自らの過去を暴き、 やがて世界の均衡さえ揺るがすことを――。