世界樹の洗礼によって能力を授かる世界。 学生国家クロノミアにある中高一貫ルピナス学園に入学したナイン＝リヴァイアは平穏な学園生活を望んでいた。しかし、ひょんなことから「ミステリー研究会」を名乗る部活に半ば強引に勧誘されてしまう。 その出会いが、学園に隠された数々の事件、世界を揺るがす秘密、そして仲間たちとのかけがえのない日々へと繋がっていく。 これがナインとその仲間たちの成長の物語である。