高校一年生の宮部大輔（みやべだいすけ）はバスケットボール部に所属するシューティングガード。高い跳躍力を持ちながらも、あと五センチ届かないダンクシュートに憧れていた。

そんな彼を幼い頃から見守ってきた幼馴染である天堂明里（てんどうあかり）は、彼に対し恋心を抱いていた。幼稚園生の頃、内気だった自分に優しく声をかけてくれた宮部の存在は、いつしか明里にとってかけがえのないものになっていた。

そして天堂明里は、高校では宮部と同じバスケ部に入る。マネージャーとして彼を支えるために。

とある日、明里は？宮部があと五センチ高く跳べばダンクが可能だと分析する。

が、しかし――

これは、『5センチ』が二人を繋ぐ、初恋の恋愛青春物語。