「おぞましいスキル持ちめ！　オマエは家の恥だ！」
『腐敗』スキルを授かったために実家を追放されたエリオット。しかし、その真の能力は『細菌（の妖精たち）』を自在に操る神スキルだと気づき、彼の人生は一転！
可愛い妖精たちとキノコ栽培や熟成肉作りに励むなど、廃ダンジョンで極上の『菌活』ライフを始めるのだった。

自分を捨てた実家が自滅する一方、菌使いに目覚めたエリオットは自分だけの『王国』を築き上げていく！

「えっ？　作物が枯れた？　チーズが腐った？　病気が蔓延？　それって僕のせい？」
今さら帰ってこいと言われても、もう遅いですよ？