僕（主人公）は、今まで多くの謎を解き明かしてきた、謎解きのプロ（？）。ある日、Ｚ村に住んでいる、旅館の経営者の娘である萌美（もえみ）という綺麗な女性から、Ｚ村の村人が次々と姿を消したので、探し出して欲しいという依頼を受け、萌美の旅館に宿泊しながら、姿を消した村人を探し出す為に動き回る。Ｚ村唯一のスーパーでいなくなったお爺さんの手掛かりを得る為、家に行ってお婆さんと話し、スーパーで堀沢店長と話す。その後、村役場に行き、突然いなくなった男性職員の恋人である菜摘（なつみ）と出会い、いなくなった男性職員について話を聞き、村役場を案内してもらい、職場の長である山川から話を聞く。その日、萌美の旅館に僕と萌美と菜摘の三人で宿泊し、交流を深め、僕と萌美が恋人同士になる。翌日、萌美と菜摘の出身中学校に行き、いなくなった吉澤先生について、校長から話を聞く。その後、花園クリーニング店に行き、いなくなった看板娘の花園香織について、母親から話を聞き、常連客に案内してもらって、花園香織がいなくなった場所に行き、手掛かりを掴む。更に、警察署に行って協力を要請するが、相手にしてもらえず、憤る。その日、僕と萌美が萌美の旅館に宿泊し、温泉や美味しい晩御飯を堪能し、愛を深める。翌日、Ｚ村にある謎の多いＺ山でいなくなった男性と女性の手掛かりを掴む為、それぞれの家に行って、母親から話を聞く。その後、Ｚ山に行き、何故か狂暴化する動物や、突然開く大きな穴の謎を解き明かしながら、いなくなった男性と女性の手掛かりを探す。Ｚ山を下りて行く際、ふと、謎の風車と井戸を見つけたが、時間が遅い事もあり、翌日に再度行く事にする。その日、僕と萌美と菜摘が萌美の旅館に宿泊し、晩御飯を食べた後、僕と菜摘が深い仲になる。更に三人で温泉に行き、楽しく幸せな時間を過ごし、部屋で僕と萌美が愛を深める。翌日、僕と萌美と菜摘がＺ山に行き、井戸の中を覗き込み、人の頭の可能性が高いのを見つける。風車に行き、風車の所有者である篠原に頼み、何とか風車の中に入る。風車の大きな羽根のような物に何かが付いているのを発見する。風車の中で、金属の蓋のような物を発見。Ｚ村の村長や、話を聞いた人達を呼び、金属の蓋のような物を開け、地下に下りて行き、地下の部屋に入り、僕が今回の事件について説明する。更なる出来事が完了し、僕が萌美と菜摘の事を真剣に考え、決断を下す。