サイバー犯罪組織の拠点から、謎の「黒い校章」を手に入れた警察庁サイバー犯罪対策室の諜報員・思織(しおり)・シャノン。 　停職処分を受けながらも独自捜査を続ける彼女は、洋上に浮かぶ最先端の学園船団「私立影華学園」へ情報科教員として潜入する。 そこで出会ったのは、AI好きの高校生・冴羽依人と、彼の幼馴染の七瀬美凪。初日から生徒たちの理解度を気にせず情報理論の講義をしてしまう思織に興味津々の依人は、放課後も思織へ次々と質問をぶつける。 しかし、思織が取り出した「黒い校章」を見た瞬間、二人の表情は一変して……。