のどかな地方都市にある大学の片隅。 一屋拓海が所属する『ミステリー研究会』通称ミス研は、今日も今日とて賑やかな日常に溢れていた。 自称・天才探偵の誇り高きポンコツお嬢様、三条詩織。 聖女のような微笑みの裏で平然と不法侵入の手筈を整える優等生、四葉乃愛。 そして、うさんくさい笑みを浮かべながらダイスを転がす、絶対的勝負師の先輩、二階堂駿。 だが、そんな愛おしくも不揃いな日常は、ある日を境に静かに歪み始める。 都市の暗部で発生する、理不尽で不可解な事件の数々。 現場に現れる「死んだ魚の目」をしただらしない現役刑事、南条史郎。 そして、彼らを優しく見守る若き教官、北大路詩乃。 事件の糸を引くのは、誰なのか？ 推理の果て、拓海たちが手にする「答え」は、常に美しく残酷だ。 なぜなら、彼らが最も守りたかったミス研の精神的支柱──部長の神宮寺遙、そしてその妹である野生児の珊瑚。彼女たちが背負う「あまりにも重すぎる運命の秘密」へと、すべてのロジックが繋がっていくからだ。 「こっから先は、大人の仕事だ。──お前らは、日常へ帰れ」 錯綜する思惑、絡み合う絆、そして笑顔の裏の裏。 暴けば終わる。止めれば狂う。 若者たちはそれぞれの武器を手に、世界の矛盾（リアル）をハッキングする戦闘へと身を投じていく──。