高校三年生・神崎蒼真は、突然街に現れた「虚数獣」と呼ばれる怪物に襲われる。 逃げ惑う人々の中で、一人の少女・白峰零が不思議な立方体「アクシオムキューブ」を蒼真へ渡す。 「あなたは証明者に選ばれました」 蒼真はキューブから現れる数式を完成させることで「証明装甲」を纏い、虚数獣を撃退する。 だが戦いの終わり、街は何事もなかったかのように元へ戻り、人々の記憶から事件は消えていた。