地球温暖化で南極大陸（アンタークティカ）の氷床が融け始め、地下への重圧が減ると、火山が噴出し氷床がさらに融けた。すると、地下で蓄積した水素ガスが発見され、掘削工事が始まる。工事現場で謎の巨大な六角柱が発見される。六角柱について調査していた極地資源研究所のカイは、パートナーのアイザックＪｒ（ＡＪ）を見失うが、地下でＡＪを救出したペンギンに出会う。カイはＡＪを介して奇妙なペンギンと会話を始める。そのペンギンの正体は銀河系機構から派遣された星間監視員だった。星間監視員は人類に地球の存続危機が迫っていることを知らせ、核兵器を廃絶するか否かの重要な選択を迫る。ペンギンの傍で飛んでいる蝶が需要な役割を果たしていることをカイは悟った。