ダンジョンが現れて40年。 探索者は人々の憧れとなり、S級クランは英雄として世界中から称賛されていた。 だが、誰も知らない。 探索者が攻略を終えたその先で、世界を滅ぼしかねない災害級の脅威を、人知れず処理し続ける国家機関が存在することを。 ダンジョン庁・特務管理官、佐伯悠真。 普段はやる気のない公務員として過ごす彼こそ、日本最強の切り札だった。 英雄が脚光を浴びる裏で、誰にも知られず世界を救う男の、極秘任務が始まる。