高い壁に隔てられた全寮制の「王立高等教育機関」。
　通称、壁の学院。
　そこでは魔法を学ぶのは女子のみ、科学を学ぶのは男子のみと厳格に決められていて、同じ学院内にいながらお互いの世界を知ることは許されない。
　魔女科に入学した十三歳のエマ・シーカーは、本を読むことが好きな少女だった。
　一方、科学科に入学したシエル・トラヴァースは乗り物に乗ってではなく魔女のように空を飛ぶことに憧れていた。
　ある日、魔女科と科学科を隔てている壁に穴を見つけたシエルは魔女科に侵入し、敷地の片隅で本を読んでいたエマと出会う。
　壁に隔たれていたはずの二人で出会ったとき、一つの約束が生まれた。
　「魔法と科学の力で、一緒に空を飛ぼう」