人類を影から守り続けてきた一隻の戦艦があった。その艦は幾千万年、人類文明を守護し続けた。誰からも感謝されることなく。その艦の名前はアマテラス。創造主は機能停止、同型艦は皆、永い戦いの歴史のなかで沈んでいった。 時は現代、戦艦アマテラスは数千年稼働し続け老朽化が進んでいた。最後のアマテラス艦長、柊春香はアマテラスの使命は終えたとし、月面に自沈させようとするが、戦艦アマテラスは初めて一つのエラーを引き起こす。 そのエラーは虚数空間の神を目覚めさせてしまう。