名家の子息たちが通う一ノ宮学園。雪丸蓮（ゆきまるれん）はその高等部の一年生だ。 ある日の放課後、蓮は帰り道で一軒のベイカリーを見つける。 街の死角にひっそりと佇むその深緑の小さな店には「Meli（メーリ）」と書かれた看板が飾られていた。 ひょんなことから店主の榧木（かやぎ）と知り合いとなった蓮だが、ただのベイカーとは思えない榧木の洞察力により、とある悩みを打ち明けることになって……。 クロワッサン、シュークリーム、サンドイッチ、フォカッチャ。 焼き立てパンと焼き菓子に謎の香りを添えた、美味しいベイカリー・ミステリ！