どこにでもいる小学五年生小森雫は、幼馴染の坂一飛がふざけてトリプルアクセルを飛び、雫の上に落ちてきたことで不思議な夢を見る。 それは大昔にいた魔女の記憶だった。 魔女の記憶を見てから、雫は「何かやらなくては！」という焦りに悩まされ始める。 自分があの夢で見た魔女なのかと悩むも将来魔女になるわけでもないと魔女の記憶に蓋をして暮らしていた雫だったが、焦燥感は高まるばかり。 夢を思い返し、魔女はきっと魔女の修行を放り出したことに後悔しているのだろうと考えた雫は、夢の魔女の後悔を取り除くことを決意する。 記憶によると魔女とは植物の声が聞こえる人だ。昔、師匠が言っていた「自然を愛し、自然と共に生きる」という言葉を頼りに、時にどうやって魔女の修行をしたらいいんだと悩みながら、雫は得意の絵を通して植物のことを知ろうとする。 魔女の修行をする前は将来には必要のないものだからと絵をやめていた雫だったが、魔女の修行をきっかけに絵を描く楽しみを思い出す。 転校生のゆいじとの出会いからますます絵に没頭する雫。 夏休みのある日、絵を描く雫を見て幼馴染の一飛が本気で意味のないことを自由研究にしようと提案したことから、転校生のゆいじ、幼馴染の一飛、親友の日葵、一飛の友人小野らと一緒に本気の自由研究に取り掛かる。 本気で自由研究をしているうちに、雫は今まで意味がないと思っていた絵が自分にとってどれほど好きなことだったのか理解し、意味のないと思っていた魔女の修行も前向きに取り組み始める。 夏休み最終日、未だ一つの植物の名前が分からず心残りがある雫は何気なく「名前が分かればいいのになぁ」とつぶやく。 その呟きに答えたのは、目の前に咲く白い植物だった。