五十年前に政府が隠蔽した原発事故は、現在に深刻な影響を及ぼした。 新型コロナウイルスの蔓延を機に、ＤＮＡが突然変異を生じ、体に異常な変化をきたす者や、常識では考えられない異能力を持つ者が現れたのだ。 その変異者たちの多くは悪事に手を染め、不可能犯罪を起こしている。 政府は変異者を「シフター」と呼び、異能力を「スキル」と呼んだ。 やがて、この特殊な事件に対処するべく、警察庁に新たな組織を設立させた。 わずか三人だけの秘匿専従部署。変異種事案措置特任課。通称『トクニン』である。 自らに秘密を抱える個性派の警部、涼宮霧子。 本庁の元刑事で一本気な巡査部長、櫻井勇太。 課長の導きによって、ふたりは出会い、シフター同士の殺し合いを捜査することになる。 この裏では、魑魅魍魎の闇がうごめいており、陰謀が暗雲のごとく渦巻いていた。