日本に突如として新たな生命体・邪蓮華が誕生した現代。半鎖国状態の日本で邪蓮華の討伐の兵隊の育成も目的とした教育機関、東都暁天学園に通う主人公朝凪朝緋。天才と謳われる生徒会長である彼は、任務でも勉学でも優秀な成績を収める一方でノマカプ厨なオタクであった。ある日副会長でありNo.2である八神紗羅にハイスペック男子の知り合いが居ることが判明し悶える朝凪。 オタ活と学生生活を並行している朝凪は、平穏な日常だけを望み刀を振るう。しかしそんな願いを打ち砕くように事件へと巻き込まれてしまう。