――まさか異世界で探偵をすることになるなんて、思いもしなかった。 　　　解き明かしましょう！　異世界の謎！ 　主人公・七崎ありすは、将来ミステリ作家になることを夢見る中学一年生の女の子。しかし、堅実をモットーとする両親からは、その夢を反対されていた。 　青蘭学園中等部に入学したありすは、文芸部に入ろうとしたところを、ミステリ研究会（学校非公認）の部長である摩耶イズミに捕まる。そして、そのままなかば無理矢理ミス研に入部させられてしまう。 　こうしてありすは、 　オレ様気質の部長・摩耶イズミ（中二） 　動物好きな副部長・宮入優一郎（中二） 　脚本家志望で大女優の息子・綾城彗（中一） の合計四名で、立ち入り禁止の旧校舎の階段の踊り場ををこっそり『部室』にし、ミス研の活動をすることになる。 　 　そんなある日、部室にある謎の扉が光り、ありすたちは異世界ストラティオに飛ばされてしまう。ストラティオは魔法が存在する代わりに、科学はあまり発達していない世界であった。 　ありすたちはたまたま遭遇した『宝玉盗難事件』を解決したことで探偵としての腕を買われ、魔導捜査官・オルトからの依頼で、以降も異世界の事件の解決に協力することになる。 　そして、最終的にありすたちは、十五年前に起きたという、『ミス研』の存在にも深くかかわる、とある難事件に挑むことになる――。