僕（主人公）は、入社したばかりの新入社員。僕の教育係に、超絶セクシー美女の瀧本愛香（たきもとあいか）が選ばれ、僕の気分が高まるが、瀧本愛香の指導は厳しい。同じ部の高杉稜介（たかすぎりょうすけ）と三島彩海（みしまあやみ）、違う部の菅山香菜（すがやまかな）と森崎悠磨（もりさきゆうま）と藤森美幸（ふじもりみゆき）と一緒にランチに行った際、瀧本愛香の厳しさについて詳しく聞いたが、容姿があまりにも良く、オフィスに戻ってからも気分良く指導を受ける。僕には大切にしている万年筆があるが、いつの間にか無くなっている事に気付く。その日の歓迎会で、同じ部の部長と次長と野田圭吾（のだけいご）と話すが、野田圭吾に絡まれてしまったところを、瀧本愛香に助けられる。万年筆の事が気になり、鞄の中や家中を探し回るが、どうしても見つからない。会社では、何人もの社員が、無断で出社しなくなってしまった。この事態を重く受け止め、警察に連絡して会社に来てもらい、事情を説明して捜査してもらう事になる。僕が、家で万年筆の説明書を見つけ、万年筆の秘密を知り、会社に行って女性警備員の下川（しもかわ）みちるから話を聞き、警察署に行って女性警察官の香本優香（こうもとゆうか）から話を聞く。その後、僕とまだいなくなっていない社員が、いなくなってしまった社員と見つからない万年筆を探す為、皆で飛行機に乗って移動し、得られた手掛かりを基に、様々な謎を解き明かしながら進んで行くと、驚愕の光景が目の前に現れ、解決する為に、僕が大きな決断をする