遥か昔、神話の時代から、神々は存在し、人々を導いてきた。 それは、時代が流れても変わらず、今もなお神々の時代は終わらない。 そして、今、物語は新たな神の世代へと受け継がれる。 神々の王ゼウス、海神ポセイドン、太陽神アマテラスなど、数多の神々には子が生まれ、その子たちは神代学園へと入学する。 神々の王ゼウスの息子として生まれた主人公レオン＝ゼウスもその1人であった。 本来なら誰よりも期待され、誰よりも強くなるはずだった。 しかし、ある出来事をきっかけに、生まれ持った神の力、［神能］を使えずにいた。 そして、いつしか落ちこぼれと呼ばれる存在になってしまう。 それでもレオンは仲間たちと共に歩み続ける。 仲間との出会い、強敵との激闘、そして数多の試練。 神々の王の息子でありながら落ちこぼれと呼ばれた少年は、やがて神界の運命を大きく変えていく。 これは、レオン＝ゼウスが神々の頂点を目指す物語である。