かつて発生した未知の破滅的事象によって人類の文明が一度リセットされてしまった世界では、生きた機関を持つ飛行船が空の航路を駆け抜ける日常が続いていた。いつ作られたとも知れず幾重に重なり天球となった空中大陸が人類の宇宙進出を阻み、人類は長きにわたって本来の地球と低層空中大陸を支配するムガロ王国と最外層第十層を含む空中大陸を支配する反ムガロ連合の二大勢力間で争い、硝煙の中に停滞する歴史を紡いでいた。空中大陸の果てにたどり着き、本当の宇宙を見ることを夢見る王国の若き研究者ハル・カランベリは、ある日研究所にやってきたヴォロス・シャルレーンという謎めいた男から言葉をかけられる。 「空中戦艦の艦長養成コースに入りませんか？」 その言葉に心惹かれたハル・カランベリは、やがて空中戦艦アヴァターラの艦長として反ムガロ連合との戦いに身を投じることになる。彼女の行く先で、歴史はその速度を上げていく。