【第一部】 東京都某区にある名丁高等学校が突如発光そこにいた全ての生徒職員が消失する事件が発生。それから暫く経って、その名丁高等学校に通っていた一七歳の少女・井上陽子が目を覚ます。そこは岩窟。無数の魔法陣に囲まれ目を覚ました陽子は双子の弟を探すも、見当たらない。陽子はおそらく異世界に来ていた。世界間の転移を観測した魔法師団の救助隊に保護され、しばらくその世界で生活していた陽子だったが、頭の中は世界の解明でいっぱいだった。そんな陽子だったが、魔法師団についてまわり魔法の研究をしていくうちに、この世界に危機が迫っていることを知る。そしてそのために自分達がこの世界に何者かの意思により召喚されたことも。あの魔法陣は封印された人間で、陽子は弟の行方に心当たりがあった。